中共南京中医药大学委员会党校是学校党委的一个重要部门，是培训党政管理干部，教育培养师生入党积极分子、发展对象、预备党员以及师生党员骨干的专门学校，是学习、研究和宣传马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观等重大战略思想的重要阵地，是增强党员、干部党性锻炼的熔炉。

中共南京中医药大学党校于1992年3月24日正式成立。2001年初为适应学校机构改革的需要，党校与组织部、机关总支合署。2009年，党校与宣传部合署。二十多年来，在省委组织部、省委宣传部和省委教育工委的指导下，在校党委的直接领导下，我校党校坚持以邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，全面贯彻《中国共产党党校工作条例》和《中共中央关于加强和改进新形势下党校工作的意见》的精神，坚持党校姓“党”，从严治校，完善体制机制，优化资源配置，提高教学质量，提升培训功能，增强办学活力，紧密围绕学校的中心工作，紧密联系党员、干部的思想、工作实际，充分发挥了“三个阵地，一个熔炉”的重要作用。中共南京中医药大学委员会党校自成立至今，在党政管理干部、党员、师生入党积极分子理论教育和培训中取得了显著成绩。每年常规举办入党积极分子、发展对象、毕业生党员培训班，并且进一步抓好预备党员入党后的继续教育，培训学员近30000人次。在举办入党积极分子、发展对象、预备党员等主体班次培训外，党校还协同党委办公室、党委组织部、党委统战部等部门联合举办了中层干部学习邓小平建设有中国特色社会主义理论学习班，学习贯彻习近平总书记系列讲话精神培训班，党的十七大、十八大精神学习班，暑期统战工作培训班，改革与发展研讨班，专兼职组织员及党支部书记培训班等1000余人次的培训，对全面提高干部、党员的理论水平；对加深入党积极分子对党的全面、正确的认识，为党组织输送合格人才；对促进学校党建工作和其他各项工作的开展，发挥了积极的作用。

按目前有正常办班活动的院系来算，现由校党校和11个学院分党校形成校院二级党校的办学体制和管理网络，成为入党积极分子和党员教育培训的重要阵地。中共南京中医药大学党校于2008年被评为“江苏省先进基层党校”。